Tutti coloro che hanno conosciuto padre Pio e sono vissuti accanto a lui, confratelli e figli spirituali, sono concordi nel sostenere che il Natale era la festa liturgica più sentita dal Santo e alla quale si preparava, fin da giovane e tanto più da sacerdote, sempre con un’attenzione straordinaria per celebrarla con grande fervore. Una preziosa testimonianza a riguardo di ciò ci viene fornita da padre Ignazio da Ielsi, superiore del convento di San Giovanni Rotondo dal 1922 al 1925, quando cioè padre Pio era giovane e aveva da poco ricevuto le stigmate. Scrive nel suo Diario: «È inutile dire con quanta passione padre Pio celebra il Natale. Sempre vi pensa e conta i giorni che lo separano da un Natale all’altro sin dal giorno dopo. Gesù Bambino per lui è un’attrazione specialissima. Basta sentire il suono di una pastorale, della “ninna nanna” per sollevare lo spirito su, su, tanto che a guardarlo sembra in estasi». Nella notte di Natale egli sembrava fuori di sé dall’emozione e spesso i suoi occhi si riempivano di lacrime. A tal proposito padre Gerardo di Flumeri nell’articolo pubblicato su Voce di Padre Pio n. 12 del 1981 scrive: «L’espressione di attesa, che era in tutta la sua persona, mi è impressa nella memoria. Come pure indelebile è nella mia mente il suo profondo raccoglimento e la sua estatica preghiera. Ma soprattutto è ancora vivo davanti ai miei occhi il colore delle sue guance arrossate, quando il canto del Te Deum diede l’annunzio della nascita del Salvatore». Dopo la recita dell’Ufficio divino padre Pio, indossato il piviale bianco intessuto d’oro, incensava la statuina di Gesù Bambino posta in una culletta tutta ornata di trine e merletti e, preceduto dai frati osannanti con ceri in mano, la portava in processione, dal coro all’altare e dall’altare al presepe. Stringendo a sé la piccola culla con un volto raggiante e luminoso e le labbra atteggiate a sorrisi di cielo, passava tra due ali di folla, lieta e chiassosa. Allora le mani di tutti si protendevano a toccare il Bambinello: mani delicate di bimbi innocenti, mani gentili di donne devote, mani incallite di contadini... e tutti imprimevano i loro baci devoti sulle ginocchia o sui piedini di Gesù Bambino. Arrivati all’altare maggiore, collocata la statuina del Bambino Gesù al di sopra del tabernacolo, ai piedi del Crocifisso, iniziava la Messa, la meravigliosa Santa Messa di mezzanotte, che rimaneva indimenticabile per tutti coloro che avevano la fortuna di assistervi. «Eravamo tutti presi – scrive, infatti, il padre Gerardo di Flumeri ? dall’alone di spiritualità che emanava dalla persona del venerato Padre. E la preghiera era più sentita e più fervorosa, ricolma di una indicibile gioia spirituale. Il cuore godeva per la nascita del Bambino divino e per la vicinanza di colui che, nel profondo dell’anima, ritenevamo [...] uno spirito eletto, dotato di speciali carismi divini». Dall’altare, poi, con voce tremula per l’emozione, con le sue mani piagate, sollevava la culletta con Gesù Bambino e disegnando con essa nell’aria un segno di croce impartiva a tutti la sua benedizione. Quando poi le condizioni di salute non gli permettevano di presiedere alla cerimonia, il Padre seguiva le celebrazioni dal matroneo e lì attendeva con ansia che i confratelli gli portassero il Bambinello da baciare. I confratelli ricordano anche che padre Pio voleva che il presepe fosse allestito di fronte al confessionale per poterlo vedere mentre confessava, e per tutto il tempo che restava lì teneva sempre lo sguardo rivolto alla statuetta del Bambino Gesù.
I sentimenti che gli affollavano il cuore in quella notte santa neppure il Padre riusciva a descriverli come si evince da una lettera indirizzata a padre Agostino da San Marco in Lamis: «Il celeste Bambino faccia sentire anche al vostro cuore tutte quelle sante emozioni che fece sentire a me nella beata notte allorché venne deposto nella povera capannuccia! Oh Dio, padre mio, non saprei esprimervi tutto quello che sentii nel cuore in quella felicissima notte. Mi sentivo il cuore traboccante di un santo amore verso il nostro Dio umanato [...].
Io non saprei ridirvi tutto ciò che avvenne in me in questa notte, passata tutta in piedi, senza aver chiuso un occhio» (Ep. I, p. 981). E, una notte di Natale, sostando estatico davanti al presepe, padre Pio scrisse con infuocati accenti: «Quali e quanti non sono, o cristiani, gl’insegnamenti che si partono dalla grotta di Betlemme! [...] Povertà, umiltà, abiezione, disprezzo, circondano il Verbo fatto carne; ma noi, dall’oscurità in cui questo Verbo fatto carne è avvolto, comprendiamo una cosa, udiamo una voce, intravediamo una sublime verità: tutto questo l’hai fatto per amore, e non c’inviti che all’amore, non ci parli che di amore, non ci dai che prove di amore» (Ep. IV, pp. 971-973). 
Gesù Bambino ricambiò l’amore di questo suo figlio in una maniera tutta singolare; infatti più volte il divin Bambinello gli apparve ed egli poté stringerlo tra le sue braccia e coprirlo di teneri baci. La prima apparizione, molto suggestiva e bella, avvenuta il 20 settembre 1919, ebbe come testimone padre Raffaele da Sant’Elia a Pianisi, il quale racconta in un suo manoscritto: «Dormivo in una cella angusta, quasi di fronte a quella n. 5, dove dimorava padre Pio. La notte dal 19 al 20, non potevo prendere sonno. Non so il perché, forse il caldo. Verso mezzanotte, mi levo dal letto quasi spaventato. Il corridoio era nell’oscurità, rotta solo dalla luce incerta di un lumicino a petrolio. Mentre stavo sull’uscio per uscire, ecco che passa padre Pio, tutto luminoso, con Gesù Bambino sulle braccia, andava a lenti passi e mormorava preghiere. Passa davanti a me, tutto raggiante di luce, e non si accorge della mia presenza». Il racconto dell’apparizione del 24 dicembre 1922, invece, è dovuto a Lucia Iadanza, figlia spirituale di padre Pio che quell’anno volle passare la vigilia di Natale vicino al Padre. «Quella sera – riferisce fra Modestino – faceva freddo e i frati avevano portato in sacrestia un braciere di fuoco. Accanto a questo braciere, con altre tre donne, Lucia aspettava la mezzanotte per assistere alla Messa che padre Pio doveva celebrare. Le tre donne cominciarono a sonnecchiare, mentre lei continuò a recitare il santo Rosario. Dalla scala interna della sacrestia, scese padre Pio e si fermò vicino alla finestra. Ad un tratto, in un alone di luce, apparve Gesù Bambino e si fermò tra le braccia di padre Pio, il cui volto divenne tutto raggiante. Quando la visione scomparve, il Padre si accorse che Lucia, sveglia, lo stava fissando attonita. Le si avvicinò e chiese: “Lucia, che hai visto?”. Lucia rispose: “Padre, ho visto tutto”. Padre Pio allora l’ammonì severo: “Non dir nulla a nessuno”».
Se il Bimbo Gesù era per padre Pio il Re del suo cuore, che cosa era padre Pio per Gesù Bambino? Egli stesso ce lo dice in una lettera a padre Agostino: «Io sono il trastullo di Gesù Bambino, come Lui spesso mi ripete, ma quello che è peggio, Gesù ha scelto un balocco di nessun valore. Mi dispiace solo che questo balocco da Lui prescelto imbratta le sue divine manine. Mi dice il pensiero che qualche giorno mi butterà in un fosso per non più scherzarvi. Ne godrò, non merito altro che questo» (Ep. I, p. 331). Meravigliosa umiltà che lo rese degno di sì grandi e tanti favori da parte del celeste divin Pargoletto! E noi con quali sentimenti stiamo vivendo il Santo Natale? Che cosa stiamo chiedendo in dono al Bimbo Gesù? «Oh come deve sentirsi acceso il cuore di amore per colui che tutto tenerezza si è fatto per noi! Oh come dovremmo ardere del desiderio di condurre il mondo tutto a quest’umile grotta [...]!» (Ep. IV, p. 971), 
ci ammonisce il Padre. «Chiediamo a questo divin Bambino – ci suggerisce ancora ? di rivestirci di umiltà, perché solo con questa virtù possiamo gustare questo mistero ripieno di divine tenerezze» (ivi, p. 972).