Il tempo che san Pio trascorse a casa non fu certo uno dei periodi migliori: la salute minata da continui dolori di ogni specie (dolori al torace, vomito, febbri alte, ecc.) erano un mistero allo stesso san Pio che, con accenti vibranti di dolore e amore, informava il padre Benedetto da San Marco in Lamis (divenuto provinciale dal maggio 1908) chiedendo luce e consiglio (Ep I, 5):

Carissimo padre provinciale,
[...] Lo stato di mia salute in generale par che sia lo stesso, con questa differenza sola però, che i dolori del torace da vari giorni in qua sembrami che si siano resi più ostinati. Io ne ignoro la causa di ciò ed in silenzio adoro e bacio la mano di colui, che mi percuote, sapendo purtroppo che lui stesso è che da una parte mi affanna e dall’altra mi consola. Mi dispiace solo, padre mio, di non aver mezzi sufficienti da poter ringraziare la nostra bella Vergine Maria, ad intercessione della quale io non dubito affatto di aver ricevuto tanta forza dal Signore, nel sopportare con sincera rassegnazione le tante mortificazioni, alle quali sono andato soggetto di giorno in giorno. 
Anche presentemente parmi di essere apparecchiato a ricevere qualunque altro castigo, che al Signore piacerà mandarmi; e questa forza non credo che mi venga dal mondo [...]. Infine, poi, baciandole la mano e chiedendole la sua benedizione mi dico
il suo ubbidientissimo
fra Pio

Due insegnamenti emergono da questa lettera di san Pio, nella quale si percepisce la grande sofferenza che lo accompagna ogni giorno.
Il primo insegnamento è il rendere grazie alla nostra bella Vergine Maria per la cui intercessione egli riconosce di aver ricevuto dal Signore una forza soprannaturale per sostenere con sincera rassegnazione tutte le prove fisiche e morali che non lo lasciavano mai. San Pio ci mostra la Madonna quale Mediatrice di grazie straordinarie: Ella intercede per noi presso Dio soprattutto le grazie necessarie alla nostra santificazione. La via Matris è la via sicura che conduce a Gesù. La Madonna è Madre Mediatrice, e agisce verso le anime come mamma, tenendoci per mano in questo arduo cammino e intercedendo presso Dio perché doni sempre tanta forza per sopportare con sincera rassegnazione le tante mortificazioni che ogni giorno si devono affrontare. Quale consolazione pensare che c’è sempre l’occhio della Madre celeste che veglia su di noi! Quale gioia sapere che questa Madre divina – «bella come la luna, terribile come un esercito schierato in battaglia» (Ct 6,10) – è l’unica che possa intercedere affinché possiamo avere forza soprannaturale per vincere ogni lotta! È il secondo insegnamento di san Pio: questa forza non può venire dal mondo, perché è pieno di illusioni e di false gioie: un fumo che annebbia e non fa distinguere chiaramente ciò che è bene e ciò che è male. Il mondo indebolisce invece di fortificare, inganna nascondendo la verità e le conseguenze di ogni nostra azione perversa. Soprattutto oggi, il mondo vuol far apparire normale ai nostri occhi ciò che è anche contro la stessa natura umana e che dunque danneggia l’uomo nell’anima e nel corpo. San Pio ci insegna, allora, che solo Colei che “ha vinto tutte le eresie del mondo intero”, la nostra bella Vergine Maria, può guidarci nella luce della verità divina e rivestirci di forza non del mondo ma del Cielo.