Sappiamo che Padre Pio ha sempre presentato, come mezzo essenziale per salvarsi l’anima, una preghiera lunga e sostanziosa.
In un’occasione, in cui il Santo ribadiva il suo concetto, una figlia spirituale disse: «Padre, ma sant’Alfonso ha detto che si danna chi non prega». Ed il Padre ribatté: «Chi prega poco si può paragonare a chi non prega». Un’altra volta precisò ancora meglio il suo pensiero: «Chi prega molto si salva, chi prega poco si danna o va a rischio di dannarsi. Chi non prega non ha bisogno del diavolo che se lo porti: va all’inferno con le sue gambe».
Ma il nostro Santo ha anche sottolineato che la preghiera è un dovere che noi abbiamo da compiere nei confronti di Dio. Clementina Belloni attesta: «Un giorno al termine di una mia confessione, avendo io terminato l’accusa dei peccati, il Padre mi disse con tono preoccupato: “Hai rubato!”. Sorpresa, negai in modo deciso. Ma egli: “Hai rubato, non consacrando del tuo tempo al Signore: ieri hai mancato al dovere della preghiera”».
Di qui le sue esortazioni. Scrive Padre Eusebio Notte: «Una sera con altri confratelli mi trovavo nella cella di Padre Pio; suonò la campana che chiamava i Frati alla recita del Rosario; gli altri confratelli andarono, ma io non mi mossi. Padre Pio mi chiese la ragione ed io risposi che mi sentivo dispensato: per quel giorno avevo recitato tre Rosari. Egli mi chiese: “Di quante poste?”. “Di cinque”, risposi. Al che il Padre, umile e severo nello stesso tempo, aggiunse: “Io ne ho detti 40 di 15 poste, e se potessi, volerei”. Capita la lezione, andai anche io».
Un’altra volta l’invito del Santo fu espresso con un accento di rammarico. A Padre Giacomo Piccirillo, che una volta era intento a scattargli delle foto per disposizione dei superiori, Padre Pio disse: «Stai con quello “mastrillo” [= trappola per topi] in mano da più di un’ora e non hai detto neanche un’Ave Maria!».
Un figlio spirituale, Gerardo De Caro, ci fa sapere che Padre Pio nella Confessione gli ripeteva che la preghiera, per essere mezzo di elevazione verso il Signore, andava fatta in un clima di attenzione a rimanere lontano dal peccato. Una delle espressioni del Santo che egli ricorda suona così: «La preghiera e vigilanza sono le ali per salire a Dio. Guai se una di queste venisse a spezzarsi».
Un rilievo, che diverse testimonianze ci portano a fare, è che Padre Pio insegnava a pregare non solo con l’esortazione ed i richiami, ma soprattutto con il suo modo di pregare.
Giovanni Gigliozzi, vecchio figlio spirituale, scrive: «Io ho visto Padre Pio nel coretto della chiesetta e nel matroneo della nuova chiesa quasi farsi preghiera impersonata. L’ho visto in lacrime fino a bagnare il pavimento tanto che mi suggeriva sulle labbra: “Dio mio, aiutami a pregare”».
Padre Guglielmo Gattiani, Cappuccino, di cui è in corso il processo di beatificazione, parlando dell’atmosfera mistica che creava la preghiera di Padre Pio inginocchiato innanzi a Gesù Sacramentato, dice che una volta egli scese dalla Romagna a San Giovanni Rotondo in compagnia di un Monsignore di Cesena. Questi durante la funzione eucaristica della sera, sentendo come il Santo si rivolgeva al suo Signore, presente nel tabernacolo, ed alla Madonna, scoppiò a piangere. [...].
Bello è quanto scrive Padre Rosario da Aliminusa, superiore del convento di San Giovanni Rotondo, il quale vede la preghiera del Padre anche come una forma di apostolato. Così egli scrive: «Che Padre Pio nella preghiera parlasse veramente con Dio non è constatazione fatta da me soltanto. È innegabile che tanti venivano a San Giovanni, per vederlo pregare e unirsi alla sua preghiera. Me lo confidavano anche delle persone disilluse dal modo come erano state trattate in confessionale e delle persone felicissime di averlo potuto avvicinare nel tribunale della penitenza e nell’ora della Messa e della funzione vespertina. Ricordo che un Sacerdote palermitano, mio amico, mi diceva che la Confessione era stata come tutte le altre, perché egli non aveva bisogni o problemi particolari; ma aggiungeva: “Come prega! Come si vede che parla con Dio! è la cosa più interessante che ho notato in lui”. 
Se non ci fossero altre prove per dire che Padre Pio è stato uno strumento della misericordia di Dio, son convinto che basterebbe il fatto che tanta gente, lontana o indifferente, ha imparato da lui, soprattutto dal suo esempio, a pregare. Il frutto più evidente del suo ministero e della sua vita credo che sia l’impegno di un numero indefinibile di uomini di non più tralasciare la preghiera nella forma del Rosario mariano».
Circa la preghiera del Padre conclude lo stesso confratello Padre Rosario: «Quello che per me costituisce il lato più edificante della vita di Padre Pio è la sua continua unione con Dio nella preghiera». Riguardo gli ultimi due anni della sua vita mortale scrive Padre Raffaele D’Addario: «Verso la fine della sua vita Padre Pio si chiuse in un completo mutismo, aveva perduto tutto quell’aspetto gioviale che attraeva e rendeva piacevole la sua conversazione. Si rese sempre più chiuso, pensieroso e solo immerso nella preghiera, con la corona che faceva scorrere tra le sue dita». Mario Frisotti, figlio spirituale che ogni venerdì saliva immancabilmente da Foggia a salutare il Padre, ci dà la spiegazione di quella cortina di silenzio che il Santo aveva steso intorno alla sua persona. Scrive: «Ricordo un’espressione di Padre Pio negli ultimi anni: “Ormai mi consumo completamente nella preghiera, perché vi sia – un giorno – verità, giustizia e conforto per tutti”».

Padre Marcellino IasenzaNiro,
Padre Pio. Profilo di un santo, pp. 100-105